Mit dem Inkrafttreten der Gewässerzustandsüberwachungsverordnung (GZÜV) im Jahr 2006 und ihrer Novellierung im Jahr 2010 wurden die Erfassung der Wassergüte und die Ansprüche an die Analytik neu geregelt und von uns entsprechend angepasst. Es werden seither vom Institut nur mehr die großen oberösterreichischen Seen (Mondsee, Irrsee, Attersee, Traunsee und Hallstätter See) im Auftrag der oberösterreichischen Landesregierung untersucht. Das Institutslabor unterliegt seither einer regelmäßigen Qualitätssicherung gemäß EN ISO/IEC 17025.
Die Beprobung an diesen Seen erfolgt 4x jährlich und zwar im Frühjahr zur Durchmischungsphase, am Beginn der Sommerstagnation, am Höhepunkt der Sommerstagnation und am Ende der Sommerstagnation. Der Mondsee wird monatlich untersucht, da er wiederholt auf Basis des Phytoplanktons als mäßig eingestuft werden musste. Je nach Tiefe eines Sees und Probenahmezeitpunkt werden zwischen 5 und 19 Tiefenstufen beprobt. Aus den einzelnen Wasserproben werden 14 Parameter (Wassertemperatur, elektrische Leitfähigkeit, pH-Wert, Säurebindungsvermögen, Sauerstoffgehalt, Sauerstoffsättigung, Ammonium, Nitrat, Gesamtphosphor, filtrierter Phosphor, unlöslicher Phosphor, Orthophosphat, Chlorid, Nitrit, Chlorophyll-a) analysiert. Daraus ergibt sich eine Gesamtanzahl von etwa 7.200 Einzelanalysen pro Jahr. Die Ergebnisse werden von uns plausibilitätsgeprüft, in vorgegebene Schnittstellendateien umgewandelt, an das Amt der oberösterreichischen Landesregierung übermittelt und von dort in die H2O Datenbank eingespielt.