Die ursprüngliche Datenbank ATFI-BASE wurde den veränderten Anforderungen angepasst und zur Fischdatenbank Austria (FDA) weiterentwickelt. Hinter der Bezeichnung FDA verbergen sich inzwischen mehrere spezialisierte wissenschaftliche Datenbanken sowie ein umfassendes Software-Framework. Ergebnisse daraus sind in weiterer Folge im Wasserinformationssystem Austria (WISA) zugänglich und fließen in den Nationalen Gewässerbewirtschaftungsplan (NGP) ein.
Sämtliche im Rahmen der GZÜV Fische an Fließgewässern (Gewässerzustandsüberwachungsverordnung, Umsetzung der Wasserrahmenrichtlinie) in Österreich erhoben Daten werden in der Fischdatenbank gespeichert und ausgewertet. Mit Stand Oktober 2017 sind insgesamt (Projekte und GZÜV-Daten) 6.755 Erhebungen an über 5.000 Stellen an Fließgewässern im gesamten Bundesgebiet enthalten.
Die FDA basiert auf Einzelfischdaten, die Dateneingabe erfolgt mittels der auch am IGF entwickelten FDA-Datenerfassungs-Software, die Benutzeroberfläche der Datenbank ist eine Webanwendung. Im FDA-Framework integriert sind standardisierte Berechnungsmethoden, fischbiologische Auswertungen, die Berechnung statistischer Kennwerte, die Bewertung nach dem Fisch Index Austria (FIA) sowie die Erstellung von Diagrammen und pdf-Berichten. Ergebnisse aus der FDA werden in der Fischdatenbank Bund den zuständigen Personen bei Bund und Ländern zugänglich gemacht. Die FDA wurde im Auftrag des BML und mit Unterstützung des IGF am Umweltbundesamt (UBA) aufgebaut, die Daten werden täglich mit der FDA abgeglichen.
Die danufishbase ist ein Derivat der FDA, sie wurde speziell für die Anforderung der beim Joint Danube Survey (JDS, eine Expedition der IKSD, der Internationalen Kommission zum Schutz der Donau) erhobenen Befischungsdaten entwickelt.
Entsprechend werden in der FDA-Seen die Daten von Seen-Befischungen administriert, auch hier vorwiegend in Erfüllung der EU-Wasserrahmenrichtlinie. Zusätzlich zu Befischungsdaten enthält die FDA-Seen auch die Daten von chemisch-physikalischen Probennahmen, das heißt Wasseranalysen der Seen, die längsten Zeitreihen gehen hier zurück bis in die 1930er Jahre.