Nach Auflassen der Lehrkanzel 1934 wurde die Station vorübergehend vom Land Oberösterreich verwaltet und 1936 vom Bundesministerium für Land- und Forstwirtschaft übernommen.
1944 wurde diese Einrichtung der Reichsanstalt für Fischerei (Berlin) als „Abteilung für Fischerei in den Gebirgswässern“ unterstellt.
In den Jahren 1947–1953 wurden die heutigen Bundesamtsgebäude in Scharfling errichtet. Mit der Eröffnung am 01.09.1953 wurde dem Institut der von der Oberösterreichischen Landwirtschaftskammer errichtete Fischzuchtbetrieb Kreuzstein angeschlossen.
Im Zuge einer Regelung des Aufgabenbereiches aller landwirtschaftlichen Bundesanstalten (Bundesanstaltengesetz 1983) wurde das Institut in „Bundesanstalt für Fischereiwirtschaft“ umbenannt.
Nach einem weiteren Schritt der Neuorganisation und Aufgabenreform wurde das Institut 1995 dem Bundesamt für Wasserwirtschaft angegliedert.
Seit 2016 ist auch die Direktion des Bundesamtes für Wasserwirtschaft von Wien nach Scharfling übersiedelt.